
周四中午12時,身穿黑西裝、打黑呔的行政長官梁振英,聯同三司十二局首長、以及行會成員,列隊步出政府總部東翼,面向下了一半的國旗同區旗,為海難事故中38名死者默哀三分鐘。眾官員全程低頭默哀。大約二百名公務員同市民亦同場參與默哀。部份候任立法會議員亦在立法會廣場默哀。
梁振英隨後同部分官員,到禮頓山黃泥湧社區會堂簽署弔唁冊,律政司長袁國強其後表示,行政會會將盡快討論成立調查委員會,稍後將公佈進一步資料。教育局長吳克儉就說,安排教育主任及教育心理學家,聯絡有學生遇難的學校,向受影響的師生提供支援。
中聯辦主任彭清華及副主任楊建平,下午到堅尼地城社區綜合大樓簽署弔唁冊。彭清華指,中聯辦對遇難同胞沉痛哀悼,中央非常關心事件,領導人胡錦濤、溫家寶及習近平,在發生撞船後即致電指示特區政府要盡力營救。彭清華又指,中聯辦亦密切關注是否需要協助。他提到在四川汶川地震時,特區政府主動派搜救隊及醫療輔助隊,前往救援,充分體現血濃於水的感情,他指中聯辦對事件關心和慰問,不存在干預香港事務問題。
他說:"現時港人遇難,中聯辦表達關心慰問,內地部門施予援手,是天經地義,相信只要不抱政治偏見,秉持人道主義態度,都不會認為應該見死不救,袖手旁觀,我不認為中聯辦有任何干預一國兩制或香港事務。"

多個社會團體和商業機構,亦各自舉行儀式哀悼死難者,在街上,不少市民都穿上黑衫,在一些有懸掛電視屏幕的地方,看著電視直播畫面參加悼念。政府在全港十八區設置弔唁處,讓市民簽署弔唁冊表達哀思。其中在葵芳社區會堂,開放首半小時,已有逾百人簽署,有市民接受本台記者訪問時指,希望傷者早日康復,以及遇難者得到安息。
市民一:"心情很沉重,感到很不開心,想來向在南丫島海難事故中的死者表示哀悼"。
市民二:"來向在不幸意外中死亡的人,表示一些心意"。
市民三:"希望死者能安息,傷者能快上康復"。
在中環碼頭,中午時所有船隻鳴笛向死難者致哀,碼頭外有市民將寫上祝願字句紙條和黑絲帶綁在悼念區。
南丫島海難,港燈下午安排第二次海祭,有百多名死者家屬參與,他們下午二時許先在港燈鴨利洲碼頭做法事,之後出海。港九小輪中午亦派船到海面做為死難者做法事。
每晚在維港舉行的幻彩詠香江燈火表演,周四起一連三晚暫停。各政府建築物的國旗和特區區旗,亦一連三日下半旗致哀。
港燈董事總經理曹棨森接受香港電台訪問時,各屬下員工勉勵。他說:"公司會採取人釘人方式,繼續密切關注死傷者家屬們,我想引用一位智者的說話,就是逝者安息,生者堅強,我要加一句,就是希望公司繼續努力創新業績。"
港燈至今已收到公眾人士捐與罹難人士家屬的善款百多萬元。公司設立的悼念網頁,截止周四晚上七時,已有逾14萬人次點擊送上祝福。
另外,歐盟代表向海難死者及家屬表示哀悼。歐盟外交事務與安全政策高級代表及副主席 凱瑟琳.阿什頓發聲明,指對事件表示十分悲痛,認為事故是一次沉重打擊。阿什頓亦重申歐盟向來重視和香港的友好合作關係。

