台灣分別於周日和周一（29、30日）以定期航班的方式，將滯留湖北省的三百多名台胞取道上海返台。陸委會主委陳明通向中方表達感謝。兩岸政策協會認為，台灣當局強調使用「武漢肺炎」字眼，會破壞兩岸互信。台北市長柯文哲指，台灣對大陸和歐美採用兩套不同的檢疫標準，會影響兩岸關係。（鍾廣政 台北報道）
台灣周日和周一先後透過華航定期航班，從上海接回早前滯留湖北的三百多名台胞。
陸委會主委陳明通周一，對於能促成今次撤僑，向大陸方面表達感謝，但他強調，這並非撤僑包機。
陳明通說：這個跟武漢包機是一碼歸一碼兩件事情，所以不要說第一次、第二次、第三次這樣順位順下去，性質上不一樣。武漢的包機，那邊四月八號解封，解封後飛機能不能飛等等還有很多變數，所以就武漢的包機我們還保持協商當中，沒有進一步對外說明。湖北解封的縣市，你看到我們就是用指定航班、指定地點，現在指定上海請他們坐這班飛機回來。最重要是防疫的措施，大家都看到非常的嚴謹，按照我們疫情指揮中心的要求，做得非常嚴謹。
兩岸政策協會就新冠肺炎和兩岸撤僑包機成功，是否能進一步改善兩岸關係舉行座談會。
兩岸政策協會秘書長張百達認為，兩岸共同敵人不僅是病毒、疫情，還包括雙方各自內部的仇恨政治、極端政治與民粹主義。這不僅對台灣民主發展是相當負面的，就兩岸關係也是負面的。張百達指，尤其台灣當局和政府高官使用「武漢肺炎」的歧視性字眼，影響兩岸關係發展。
張百達說：我想這需要將心比心，這四個字一開始完全沒有歧視的意思，包括中國大陸的媒體、官方也是這樣使用的。但是當WHO依照過去2015年一些相關國際組織命名的規範，認為那樣是具有歧視性的用語，建議停上使用之後，我覺得台灣政府應該跟著全面停止使用，特別是我們要爭取加入包括WHO在內任何國際組織，這是國際的共同共識的話，我們應該要遵遁。停止使用也是對大陸釋放善意，也是表達台灣文明進步的一種價值，包括遵循國際進步的規範。
民進黨前主席許信良表示，美國國務卿蓬佩奥在七大工業國會議（G7）堅持要用「武漢肺炎」來寫公報，但其他國家都反對。美國總統特朗普過去為了刺激中國大陸，特別講「中國肺炎」，他也是為了報復中國外交部發言人，指控新冠肺炎來自美國。這是為了報復的氣話，現在特朗普也不再使用這個名稱。
許信良說：其實台灣應該支持全球化，我們也希望加入WHO，所以我們對於全球的共識應該特別敏感。我們既然想加入WHO，所以WHO定的名稱，對全世界除了美國之外大多數人都接受的共識，我們應該很在乎，應該很尊重。在兩岸關係裡面，我們也沒有必要特別去刺激中國大陸。中國大陸既然很在意武漢肺炎，最初他自己也稱武漢肺炎，現在既然他在意，認為是歧視的名稱，所以我想兩岸關係互相尊重是非常重要的。
台北市長柯文哲認為，大陸回來的台灣人，像是今次的上海包機，全部要關在同一地方集中檢疫，但是歐美回來不需要。他指，現在統計數字來看，紐約比武漢還危險，所以應該要有統一的標準，不管是對中國抑或對美國，要恢復到科學的根據，就是該怎麼做就怎麼做，標準一樣。