因發生台大校長委任風波，接替辭職的潘文忠出任教育部長的吳茂昆，履新僅41天亦宣佈辭職，周二（29日）獲行政院批准。
有台媒報道，上月19日才上任的吳茂昆，在任教育部長期間，先後被告發違法赴大陸擔任中科院顧問、侵佔東華大學綬草專利權、及詐領東華大學獎助金及薪金等3宗罪。
消息指，台北地檢署擬日內傳喚吳茂昆以釐清案情，檢方針對吳茂昆3宗違法案件，分別指派3名專案檢察官蒐證，3名檢察官已分別向陸委會、東華大學等單位取閱資料，並曾訊問多名證人。
台大校長遴選委員會今年初選出台大財金系教授管中閔為新任校長，但其後爆出管中閔在遴選過程中，涉及違反利益迴避原則、論文爭議、赴大陸兼職等指控，教育部因此暫緩對管中閔的委任，事件引發政治考慮介入台大校園的爭議。
上月14日，前教育部長潘文忠就事件引發爭議請辭，行政院隨即宣布由東華大學前校長吳茂昆接任。
但消息公布後，吳茂昆隨即被揭任職東華大學時，曾一年請假160天之多，甚至傳出曾於大陸多個研究單位、科技公司擔任顧問，因而引發輿論嘩然。