2020年2月7日，台湾总统蔡英文视察中央流行疫情指挥中心强调，台湾是全球防疫第一线，有必要参加WHO。（台湾总统府提供）
继限制中国和港澳旅客来台之后，台湾当局周五（2月7日）再宣布，下周一起再停飞大部份两岸航线，只剩北京、上海、成都、厦门和港澳等五个航点。金门、马祖小三通，以及海上大三通也先后停航。另外，总统蔡英文巡视中央流行疫情指挥中心，重申台湾是全球防疫第一线，有必要参加世界卫生组织。（锺广政 台北报道）
台湾流行疫情指挥中心举行记者会，指挥官卫福部长陈时中表示，鉴于中国疫情愈来愈严峻，搭飞机容易感染武汉肺炎变得非常危险，呼吁台湾民众暂时忍耐，非必要切勿乘搭飞机，政府也要作出进一步限制措施。
陈时中说：指挥部要求要限制航班，我们现在决定只开放：北京、蒲东、虹桥、厦门、成都、港澳，其馀的航班都没有。第二个，以前我们在港澳的时候，入境要做居家检疫14天，今天同时也宣布，过境港澳一样，回来居家检疫14天。但整体在评估里面，因为这样的事情影响非常大，事实上在转机这一块可能有人已经起程了，所以我们宣布从礼拜一，2月10日零时起。
陈时中承认，将港澳转机来台列为居家检疫14天对象，其中一个原因，是台湾周四（2月6日）公布的两个案例，都是从香港转机感染。
交通部司长叶协隆表示，目前共有50个航点，1345个航班往返两岸，下周一（2月10日）起将减剩583个航班。
另外，大陆委员会主委陈明通表示，下星期一起，停止金门和马祖两地客运小三通，货运不受影响。他指，疫情爆发之后，小三通来台要居家检疫14天，旅客因而减少，金门只剩每天八个航班，马祖剩一个。
陈明通还宣布，两岸海上大三通也即将全面停航。
陈明通说：其实仅小三通，现在对于大三通，譬如从基隆到大陆去、台北港等，客运这一块今天我们也研议准备把它停止，奉核之后到大陆的客船，来往大陆的客船也把它停止。
世界卫生组织在武汉肺炎疫情通报时，多次错误将呼中华民国放在中国之下，或者称为「台北及周遭地区」，总统蔡英文视察中央流行疫情指挥中心时强调，台湾参与对国际防疫非常重要。
蔡英文说：我们台湾是站在防疫的第一线，值得国际社会对我们的尊重，尤其是我们参与WHO（世界卫生组织），是一个非常重要国际防疫网路重要的关键。我以我在这里要呼吁我们所有的国家跟WHO，台湾的参与是必要的，而且是关键的，因为我们是站在防疫的第一线。
对于世界卫生组织称，中国大陆疫情没有扩张，反而是「港澳台病例激增」，蔡英文表示，显然WHO拿到有关台湾的资讯并不确实，更凸显台湾参与世界卫生组织的重要性。
蔡英文说：我们有没有激增，我们自己看得最清楚，这就是为甚么我们需要参与WHO，WHO拿到我们的资讯显然是不确实的，在这种不确实的资讯的情况下，反而会造成WHO在处理全球疫情的时候发生错误，这就是再一次证明，我们参与WHO的重要性。
据中央流行疫情指挥中心统计，台湾周五并未新增感染个案，维持确诊16个案例，其中14例是境外移入，2例是家庭群聚感染。
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