繼限制中國和港澳旅客來台之後，台灣當局周五（2月7日）再宣布，下周一起再停飛大部份兩岸航線，只剩北京、上海、成都、廈門和港澳等五個航點。金門、馬祖小三通，以及海上大三通也先後停航。另外，總統蔡英文巡視中央流行疫情指揮中心，重申台灣是全球防疫第一線，有必要參加世界衛生組織。（鍾廣政 台北報道）
台灣流行疫情指揮中心舉行記者會，指揮官衛福部長陳時中表示，鑑於中國疫情愈來愈嚴峻，搭飛機容易感染武漢肺炎變得非常危險，呼籲台灣民眾暫時忍耐，非必要切勿乘搭飛機，政府也要作出進一步限制措施。
陳時中說：指揮部要求要限制航班，我們現在決定只開放：北京、蒲東、虹橋、廈門、成都、港澳，其餘的航班都沒有。第二個，以前我們在港澳的時候，入境要做居家檢疫14天，今天同時也宣布，過境港澳一樣，回來居家檢疫14天。但整體在評估裡面，因為這樣的事情影響非常大，事實上在轉機這一塊可能有人已經起程了，所以我們宣布從禮拜一，2月10日零時起。
陳時中承認，將港澳轉機來台列為居家檢疫14天對象，其中一個原因，是台灣周四（2月6日）公布的兩個案例，都是從香港轉機感染。
交通部司長葉協隆表示，目前共有50個航點，1345個航班往返兩岸，下周一（2月10日）起將減剩583個航班。
另外，大陸委員會主委陳明通表示，下星期一起，停止金門和馬祖兩地客運小三通，貨運不受影響。他指，疫情爆發之後，小三通來台要居家檢疫14天，旅客因而減少，金門只剩每天八個航班，馬祖剩一個。
陳明通還宣布，兩岸海上大三通也即將全面停航。
陳明通說：其實僅小三通，現在對於大三通，譬如從基隆到大陸去、台北港等，客運這一塊今天我們也研議準備把它停止，奉核之後到大陸的客船，來往大陸的客船也把它停止。
世界衛生組織在武漢肺炎疫情通報時，多次錯誤將呼中華民國放在中國之下，或者稱為「台北及周遭地區」，總統蔡英文視察中央流行疫情指揮中心時強調，台灣參與對國際防疫非常重要。
蔡英文說：我們台灣是站在防疫的第一線，值得國際社會對我們的尊重，尤其是我們參與WHO（世界衛生組織），是一個非常重要國際防疫網路重要的關鍵。我以我在這裡要呼籲我們所有的國家跟WHO，台灣的參與是必要的，而且是關鍵的，因為我們是站在防疫的第一線。
對於世界衛生組織稱，中國大陸疫情沒有擴張，反而是「港澳台病例激增」，蔡英文表示，顯然WHO拿到有關台灣的資訊並不確實，更凸顯台灣參與世界衛生組織的重要性。
蔡英文說：我們有沒有激增，我們自己看得最清楚，這就是為甚麼我們需要參與WHO，WHO拿到我們的資訊顯然是不確實的，在這種不確實的資訊的情況下，反而會造成WHO在處理全球疫情的時候發生錯誤，這就是再一次證明，我們參與WHO的重要性。
據中央流行疫情指揮中心統計，台灣周五並未新增感染個案，維持確診16個案例，其中14例是境外移入，2例是家庭群聚感染。