台灣的民主基金會，一直在明在暗，支援亞洲、緬甸及大陸海外的民主運動。六四學運領袖王丹，過往多次訪問台灣，都是以台灣民主基金會國際訪問學者的身份。大陸的禁書，《六四詩集》與《維權詩集》等，就是由台灣的民主基金會資助，在2007年及2008年美國、台灣、香港三地同步發行。馬英九上任總統後，對大陸民運及六四的態度曖昧，使“台灣民主基金會”的高層人士的異動更受關注。
台灣傳媒報道，總統馬英九透過國安會秘書長蘇起操作，現任民主基金會執行長林文程確定遭撤換，前立委黃德福接任。而副執行長則是由世新大學副教授陳俊明出任。基金會執行長林文程週三就回應，基金會財源雖來自國家預算，卻是超黨派非政府組織，相信總統馬英九不會為這種小事，干預董事長提名權。
過去6年，基金會人事，都是由台灣外交部擬定，交基金會董事長王金平拍板。報道指，馬英九換血手法的粗糙，事前並未徵詢王金平。這是基金會成立以來，馬政府上任後，首度由國安會擬妥人選，經總統批示後交董事長，頗有”府方接收民主基金會”，以總統地位壓董事長的味道。
目前，台灣國安會對於“不尊重王金平”的說法不予回應。消息指，馬英九的換血行動，是針對民主基金會中綠營人士董監事比藍營為多。由台灣外交部捐助成立的民主基金會，一向都配合台灣的外交政策。近期，基金會在舉辦64紀念活動時曾，傳面臨國安高層壓力。基金會每年由外交部編列新台幣1億5000萬的預算。