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海協會和海基會週二下晝簽署兩岸漁業勞務合作等三項協議後，海協會會長陳雲林前往拜會大陸委員會主委賴幸媛。
賴幸媛以陳會長稱呼，陳雲林一直以“幸媛”來避開陸委會主委的官銜。
避免雙重課稅協議未能簽署，引起台灣的疑慮，賴幸媛趁機說，“避免雙重課稅”這項協議留待持續協商，這也是制度化協商正常成熟的作法。賴幸媛說：兩岸的情勢，從過去幾度瀕臨戰爭邊緣的緊張到現在的和緩，這樣的成就，在紛擾不停的國際局勢中是個珍貴的典範，值得高度肯定；這樣的果實得之不易，兩岸絕對要善加珍惜。
賴幸媛指，兩岸要避免戰爭、追求和平、建構穩定的交流環境，兩岸制度化協商這條路就必須堅定的走下去。這是處理兩岸關係的正確道路。
陳雲林表示，知道台灣各界有不同聲音，他說，大陸一樣有多元的意見，他會尊重不同的意見。陳雲林認為，為了兩岸和平發展，就要以堅定的精神，以兩岸人民福祉來推動兩會協商。陳雲林說：就要咬定青山不放鬆，任爾東西南北風。祗有這個精神，我們才能夠讓更多民眾去理解。任何的飄移不定，任何受到反對聲音我們就止步不前，這都不利於兩岸的和平發展。
海協會副會長鄭立中表示，避免雙重課稅未能達成協議，係技術上有困難未克服，和政治無關。鄭立中還宣布，兩會同意將《兩岸經濟合作框架協議》列為下次協商的重點。他強調，不會訂出簽署協議的時間表。鄭立中說：《經濟合作框架協議》是單純的經濟議題，不涉及政治敏感問題，協議內容既要符合世界貿易組織的規章，又要具有兩岸特色。雙方應本著平等互利的原則，盡可能清除兩岸經濟關係正常化存在的障礙。
台中市警方表示，周二仍然有接近一千名示威者，在協商會場四週抗議。示威者包括台獨人士、法輪功和統派團體。上晝有民眾焚燒五星旗，而當獨派團體抗議時，有統派人士去阻止，雙方發生爭執，最後被警方分隔。