在台湾，总统马英九将台湾的白色恐怖等事件发生根源归咎于国共内战。强调他上任后，大幅度增加两岸和解与合作，盼为台湾带来永续和平与繁荣。
马英九周一出席「2013年戒严时期政治受难者纪念追思仪式」，除向二二八、白色恐怖事件受难者家属、本人、遗属鞠躬致歉外，也颁发回复名誉证书，与会者并默哀1分钟，表达追思。
马英九在致词时表示，白色恐怖等事件根源就是因为国家发生内战，一旦发生战争，许多滥权行为都会被原谅、被容忍、被纵容。
马英九强调，「我一直都相信制度，相信建立制度比个人的态度更重要」。台湾政府一步步地把两岸关系建立在一个稳定的结构上面，「不论谁来当政都要这样走，我相信才能够为台湾带来永续的和平与繁荣」。
马英九还透露，截至今年6月底止，台湾政府受理白色恐怖案件补偿完成1万59件，受到补偿人数达2万余人，金额新台币195亿余元（相当于40多亿人民币）。