吴钊爕应台侨社团福尔摩莎基金会邀请，来到洛杉矶年度大会上担任演讲嘉宾，针对当前两岸热议的ECFA，他有不同于马政府的反面意见。他说：“这协议是有问题的，任何贸易协议，不管是台美之间、两岸之间因贸易自由化而签订协议，都会有部份产业为此获得利益，也会有些产业受到伤害。如果有产业受到伤害，政府在签订协议之前就必须有所准备，让产业能禁得起贸易自由化之后的冲击，但我们看到马政府没有做出任何准备。”
身为陈水扁执政期间的台湾驻美代表，吴钊爕以“崛起”二字检视中国大陆对台湾眼下的友好和可能的威胁。他指出：“中国大陆‘崛起’过程中，对台湾造成的压力愈来愈大，不管是经济与国际参与方面，或者是军事方面。另外是我们看到台湾马政府目前在处理台日、台美与两岸关系时，并没有以整体战略来考虑，使得台湾和中国大陆的关系愈来愈近，可是，和美日两方的关系却愈来愈远，这让我很担心。”
当经贸关系的“两岸友好”与政治领域的“外交休兵”成了马政府宣扬政绩的主旋律。目前已重返学界任教的吴钊爕则是抨击马英九稳坐高位，无意倾听在野的声音。吴钊爕说：“ECFA提案在台湾立法院送交院会一读时，必须询问在场的立法委员有无不同意见？当时，在场的二十七位民进党籍立委同声大叫反对，但主持院会的主席是(国民党籍)立法院长王金平，他竟说没听到民进党立委的声音，这种‘民主程序’能够让人安心吗？”
两岸签订ECFA以后，包括西方政论文章在内，也关切中国大陆是否通过两岸经贸交流平台得以对台湾政情取得关键影响地位？吴钊爕对此表示：“一旦台湾对中国大陆的经济或其他层面之需求愈来愈多时，中国大陆对台湾的要求也会愈来愈多。我也看到台湾部份媒体对中国大陆的报导(篇幅)，已经超过对台湾报导，甚至把很多中国大陆官方政策加以美化，如果中国大陆当局认为马英九是可以予取予求的目标，当然，中国大陆就会在2012年(台湾举行总统大选)时想尽各种办法来协助马英九连任。”
以上是自由亚洲电台记者萧融发自洛杉矶的报导。