自港珠澳大橋落實興建以來，國家一級保護動物的中華白海豚數目一直備受關注。有報道引述內地研究所報告顯示，內地白海豚數目在大橋施工後下跌兩成至900多條。惟大橋管理局近日稱，內地白海豚數目有增無減。而根據漁農自然護理署數字顯示，本港中華白海豚數目更跌逾四成至47條。有團體指責管理局只是玩「數字遊戲」，誤導大眾。（李弘音 報道）
興建港珠澳大橋一直是受環保團體質疑的議題之一，因為大橋附近一帶水域是國家一級保護動物中華白海豚經常出沒的地方，然而大規模的工程會影響牠們生活。有報道指中國水產科學研究院南海水產研究所監測報告顯示，珠江口伶仃洋的中華白海豚數目在港珠澳大橋完工後下跌兩成，跌至900多條，情況嚴峻。據指該報告遞交至港府後亦從未公開，而有關報告的結果與大橋管理局早前稱海豚數目上升亦不符合。港珠澳大橋紀錄片中更聲稱，直至大橋完工，珠江口海域還有1890條白海豚。而在香港方面，漁農自然護理署回覆本台查詢時表示，本港水域白海豚數目較大橋施工前亦有下降現象，由2012年大橋開始動工時的80多條跌逾四成至47條。
本台致電香港海豚保育學會查詢報告有落差的原因時，該會會長鄭家泰表示漁護署及南海水產研究所則是用相同方法，即是樣條線方法，透過一些水域線路去觀察，他認為相對較準確。
但管理局或內地傳媒引述的數字，相信是使用相片辨識方法識別新海豚，主要是用作辨識海豚身分，再配合累計方法，拍到新的海豚便會加入數據庫，但並無把海豚死亡的數字計算在內。他認為這種做法當然有增無減，管理局這個數字明顯有問題，只是玩「數字遊戲」故意讓公眾相信他。
鄭家泰說：因為他不希望大家認為有這個影響，所以便引用一些取巧的數字希望令公眾相信他是沒有問題的，其實興建大橋的這幾年他們已投放很多資源及金錢做監察或是所謂的緩解措施。的確他們現在是在玩一個數字遊戲來發放一些樂觀數字讓大家知道。
對於白海豚數量不斷下跌，生態教育及資源中心總監程詩灝向本台表示這與大橋的興建一定有直接的關係，因為白海豚出沒的地方正正就是大橋的所在地，而工程的噪音問題會嚇退白海豚。他更指出，大橋興建完畢後緊接便是機場第三條跑道，短期內白海豚數目難以上升。
程詩灝說：港珠澳大橋完畢後緊接便是機場三跑的興建，這一定有一定程度的滋擾。所以是否能夠在未來5至10年內看見白海豚數目回升，這個我個人認為是有一定的壓力。
雖然不少研究報告顯示不論在內地或是香港的大橋附近一帶水域，白海豚都大幅減少，但大橋管理局則聲稱內地白海豚數目有增無減。港珠澳大橋管理局副局長余烈周一（12日）表示明白外界的關心，他指中華白海豚的生活狀况及其數量或分布情况亦是整個工程裏一個很重要的工作內容。他強調已經投放了很多資源並聘請了很多專家協助保育海豚。他早前接受內地傳媒訪問時曾透露，自建設大橋以來，為保護中華白海豚已花費3.4億元人民幣。至於會否公開報告的內容，他就指有關文件已交給路政署。
余烈說：我們跟香港建立了一個跨境環保聯絡的機制，我們會跟他們一起定期溝通，公布各自監測的數據。有些數字交換以後，香港的路政署或相關的網站亦會公布，環境監察的數據及資料。
本台亦向路政署查詢，惟尚待回覆。根據現有報道所指路政署已獲得相關報告，惟是否公開內容由大橋管理局決定。