全國人大會議周四（28日）通過「港版國安法」決議後，公安部發聲明，指會全力「指導支持」香港警察止暴制亂、恢復秩序。另一方面，網傳國務院指派國安部人員秘密赴港執行任務，批示國安秘密逮捕，甚至開槍擊斃犯罪分子。此外，北京強化處理香港問題的組織。有分析認為，種種跡象顯示，北京已開始直接管治香港。（鄭日堯 報道）
公安部部長趙克志周四主持公安部黨委擴大會議，提到要嚴密防範、嚴厲打擊境内外敵對勢力滲透顛覆搗亂破壞活動，堅決捍衛國家政治安全。他又稱，各部門要貫徹「港版國安法」，「全力指導支持香港警察止暴制亂、恢復秩序」。
繼公安部的聲明後，香港警務處處長鄧炳強隨即接受央視訪問，表明會配合落實國安法。
鄧炳強說：立法之後將會有一個更穩妥的環境，而且也增加投資者對香港的信心，所以立法對於香港的穩定非常重要。”
另外，香港親中《星島日報》周五（29日）報道，「中共中央港澳工作協調小組」早於今年二月已經易名「中共中央港澳工作領導小組」。報道稱，由「協調」改名為「領導」，將有助「強化中央對港澳工作的全面領導」。報道又指，中央港澳領導小組仍由中央政治局常委、國務院副總理韓正擔任組長，全國政協副主席、國務院港澳辦公室夏寶龍則擔任常務副組長。
另外，《星島日報》亦指夏寶龍於周三（27日）及周四（28日）分別會見了全體港區政協委員及港區人大代表。該報引述政協委員指出，夏寶龍形容中央已經「忍了很久」，並準備好「抗擊外部勢力對香港事務的干預」，並估計香港未來或會「受到衝擊或出現更差的情況」。《星島日報》又引述人大代表稱，夏寶龍形容香港過去一年的示威衝突是「丟臉」的事，直斥「成何體統」。
熟悉中國事務的香港時事評論員劉銳紹向本台指，現時中央對香港的管治模式由「橫向管理」改為「垂直式管理」，即北京政令不再「通過香港行政長官林鄭月娥地方層面的推動」而執行（「橫向管理」），而是由中央發號施令，並由中央部門執行政令（「垂直式管理」），而「港版國安法」正正反映此管治模式。
劉銳紹表示，香港警方理論上隸屬於香港政府，但自反送中運動起，香港警方聽命於北京及公安部多於聽命於香港行政長官林鄭月娥。
劉銳紹說：香港警方由内地公安指導，這些是國内牢牢掌握香港全面管治權的其中一種手法。現在完全沒有兩制的影子，一國已經完全不止壓倒、更是控制著兩制。這些趨勢將會越來越明顯。
劉銳紹認為，「中央港澳工作領導小組」在規格上比協調小組更高級，將會有領導班子、操作部門及專責人員等配套。協調小組的工作範圍為協調各個有關部門，但領導小組不但負責發號施令，更是安排各部門有關工作，以至編制上的保證。中央港澳領導小組不論是執行還是規格上，都比以前的協調小組更高一層。
劉銳紹說：透過親北京議員的輿論、發布相關消息，（中央港澳工作領導小組）屬於一種半公開的狀態，希望產生一種威懾、鎮壓的心理作用。至於它甚麽時候由官方公開，那就要看官方如何考慮它的政治需要了。
浸會大學新聞系高級講師呂秉權就形容，公安部的聲明是把公開的秘密制度化，在香港設立一個前線指揮部，估計未來公安部不但會鎮壓香港示威、而且會對香港有更高層次、更嚴峻的國安要求。
呂秉權又認為，中央港澳協調小組改名為領導小組，是要讓各個部委知道香港國安問題是中央要應對的頭等大事。
呂秉權說：習近平現在就是為了讓他的親信在現行體制有更大威信去做事，把協調小組提升為領導小組，讓各個部委知道這是中央要應對的頭等大事。而且這不單只是香港問題這麽簡單，現在香港的國安法是放在一個中外鬥爭的背景下。
另外，周五網上流傳一份據稱是大陸國務院關於秘密派遣國安部人員赴港執行的批覆文件，蓋章日期為4月15日，文件指相關秘密行動內容包括對「組織、煽動、教唆大規模示威遊行的犯罪分子展開行動」，包括秘密逮捕，甚至開槍擊斃犯罪分子。相關文件的真偽暫時未能獲得確認。
2003年7月，香港因為二十三條而爆發大遊行，中央就此成立中央港澳工作協調小組，領導協調中央十多個相關部門機構，由時任政治局常委、國家副主席曾慶紅擔任組長。之後的三任組長分別是習近平、張德江、韓正。