全港多間中學在開學翌日繼續有學生自發罷課，其中大埔有學校被指會呈交罷課學生名單，惹來「秋後算帳」疑雲，有近百人在校門外聚集聲援學生，驚動警方介入驅散群眾，但有抗議人士被警方追截而受傷。有立法會議員認為，警方不應干預學生的罷課活動，警察的出現反而造成恐慌。（覃曉言 報道）
香港多間中學周二（3日）繼續有學生「罷課不罷學」，其中大埔孔教學院大成何郭佩珍中學，因被傳會向教育局呈交罷課學生名單，又被指限制學生罷課活動地方，令人質疑會否對學生「秋後算帳」，引發區內人士不滿，開學一連兩日都有人在校門外聚集抗議，部分為身穿校服的其他學校學生，亦有穿黑衫及戴口罩人士，高呼「光復香港、時代革命」等口號。
根據網上片段，十多名警員到場後，聚集在校門外的抗議人士正平靜離開，但有三、四名警員突然追著部分人，其中一人與警員雙雙跌倒，口鼻流血，要送院治理；另有幾個人被警員截停，搜查隨身物品後獲准離開。
一場混亂過後，孔教學院何郭佩珍中學被指報警驅趕抗議人士，惹來更多人不滿，但校長梁秋雲重申，校方沒有報警，又澄清沒有阻止學生入校園。
梁秋雲說：就今日（周二）有人指我們學校報警，甚至指學校關上大閘，不准學生進入校園，其實這個說法是失實的。我們學校早上8時10分上課，所以每天8時10分學校大閘會掩上。
校方兩度發出聲明澄清從來沒有報警，指該校只是根據教育局指引，將罷課學生的數目上呈局方，並不包括學生名單，如學生選擇罷課，校方會按既定程序處理，校方安排罷課學生進入演講廳，絕對沒有禁錮學生。
教育界立法會議員葉建源對本台指，以他所知校方只是呈交罷課人數，並非名單。他認為各區學生罷課屬小規模，亦無發生衝突，警方派員干預是毫無必要，反而為市民帶來恐懼。
葉建源說：（警方干預）完全沒有必要，我想我們的學生（罷課）大部分是第一規模很小、第二是很單純，他們是在校園高呼幾句口號，其實也不是持續的抗議行動，我覺得這是警方的過度反應。實際上何郭佩珍中學只是其中一間學校，我也收到其他學校通知，有警察到校園外，似乎有（向學生）搜身等諸如此類事情，這些都會令市民和學生帶來非常恐懼。
警察公共關係科總警司謝振中在記者會解釋，開學兩日警方共收到23宗類似大埔事件的報案，大部分被分類為「可疑人發現」，小部分為「求警協助」及噪音投訴，而大埔事件有四宗報案，故警方有責任到現場處理。
謝振中說：（多宗報案）反映過去兩日其實有市民對學校外發生的情況表示關注，警方有責任當收到相關報案時，趕到現場處理或了解事情，今日（周二）的大埔事件，正是我們收到四宗999報案，指學校外有很嚴重噪音問題。當我們下車時，有為數很多的人立刻跑，我們當時很想理解部分戴口罩人士（逃跑）的原因。
他指根據網上片段，當時不止一人因地面濕滑而跌倒，而相關人士在警方助查後，已即時獲准離開。
另外，再有醫護界為響應全民三罷行動，周二發起「罷工不罷醫」的「九龍醫院自遊行」，有近百名醫護人員趁午膳時間參與，由九龍醫院遊行至醫管局大樓。大部分參加者戴上黑色口罩及穿著制服，亦有人穿上黑衫，沿途高呼「醫護同行，保護市民」及「光復香港，時代革命」等口號。
有參與遊行的醫護人員認為，現時警權過大，不滿警方將示威者甚至無辜市民打至重傷；也有參加者斥責政府一直懶理民意，若政府真的希望止暴制亂，必須回應五大訴求，否則這場抗爭運動難有結束之時。
至於職工盟及跨界別罷工集會籌備小組發起的罷工集會，第二日繼續在金鐘添馬公園舉行，他們要求政府在下周五（13日）「死線」前，回應五大訴求。
此外，清潔工人職工會到金鐘食環署總部遞交請願信，就警方在處理反修例示威時施放催淚彈，而在該些示威地區工作的食環署外判清潔工人，未有獲派任何保護裝備，當中多人曾出現眼睛乾澀及氣管不適等，很可能是因為吸入催淚煙所致，工會促請食環署跟進。