隨著中國武漢肺炎病例不斷攀升，台灣宣布自周四（2月6日）起禁上所有大陸旅客入境；赴台的港澳居民如事先申請僅需「自主健康管理」，否則和所有曾到過中港台的台灣人或訪台旅客一樣，一律要家居隔離14日。（鍾廣政 台北報道）
台灣行政院長蘇貞昌周三（2月5日）在臉書發文，指中國武漢肺炎疫情近日的確診病例數字持續上升，至周二（2月4日）已超過兩萬例，涵蓋中國所有省市自治區，為了更有效守護台灣民眾的健康，宣布從周四起，所有中國籍旅客暫緩入境。
衛福部長陳時中也在中央疫情指揮中心記者會表示，中國的疫情持續升高，現在相關的區域，也不斷做移動管制以及各種措施，從他們的病例數快速增長，顯示整個中國都已經淪為疫區。
陳時中說：指揮中心決定，凡是有中、港、澳旅行史、旅遊史的，回來一律都要做居家檢疫14天，這裡面只有一個例外，有赴港澳但是要事先經過核准，回國可以做自主健康管理。
大陸委員會主委陳明通表示，跟隨中央流行疫情指揮中心的決定，提升中國和港澳的旅遊示警層級。
陳明通說：全中國大陸現在宣布為紅色的旅遊警示，就是請大家不要前往，你一去的話回來就必須居家檢疫14天，所以紅色旅遊警示的意思，就是勸大家不要去。港澳我們宣布為黃色的旅遊警示，也是非必要不要去，程度稍為低一點。
內政部長徐國勇指出，防疫是國安的問題，有一些從外國回台，以及外國人入境台灣需要居家隔離，如果有失去聯絡或者違反規定外出，警方將全力投入，當作重大刑事案件犯人尋找。
徐國勇說：我們的警察同仁會以最高的規格，來協尋這些相關的應該要居家檢疫的人士。所以大家有聽到一些相關的失聯的，我們警察同仁用重大案件的規格在辦理，全力在協尋這些相關的人士。所以警察同仁相當辛苦，會用各種他們在辦理刑事案件等最高規格，去協尋這些相關的失聯人士，因為如果他們萬一有潛伏的病毒的話，所造成的危害是相當的大的。
徐國勇呼籲，所有居家檢疫人士要自律，否則將啟用多項法律重罰。
徐國勇說：如果有違反相關規定的，我們也會依據相關的法律，包括：傳染病防治法、社會安全秩序維護法，甚至在相關的健康聲明等等有一些不實記載，而影響到傳染病的防治的話，我們也會用相關刑法的規定，譬如：偽造文書等等，我們會從這裡去做相關的依法辦理。
據中央疫情指揮中心統計，周二台灣新增77例通報個案，目前累計通報1238名，維持11名確診並無增加，1038名排除，其餘隔離檢驗中。