台灣首度爆發軍艦官兵疑因群聚感染新冠肺炎的個案，敦睦艦隊返台官兵在船上隔離6天返家後，周六（18日）才發現其中三人確診，軍方急召三艘戰艦700官兵隔離採檢。總統蔡英文和參謀總長黃曙光曾先後前往迎接，軍方強調蔡英文沒有近距離接觸官兵，參謀總長和海軍總司令則須接受自主健康管理。（鍾廣政 台北報道）
台灣新冠肺炎零確診兩天後，周六由三名軍艦士兵重開記錄。
中央流行疫情指揮官、衛福部長陳時中宣布，台灣新增三個境外移入案例，三人都是敦睦艦隊上實習官兵。
陳時中說：已於今日安排同隊的官兵及學生，入住集中檢疫所隔離採檢。目前一例在高雄、一例在台中、一例在桃園。整個三個病例是編號396、397和398。20多歲的男性，在我國的一個艦隊裡面實習，是住在同寢室，2月21日登艦實習，該艦總共有337人，於3月12日到15日停留帛琉，離開帛琉後於公海航行近30天，4月15日自我國軍港下船。
根據總統府公布資料，總統蔡英文在4月9日曾前往高雄碼頭，迎接艦隊返台，期間是否有可能受到感染引起傳媒關注。
國防部副部長張哲平上將表示，安排蔡英文前往軍港迎接前，早已考慮到防疫問題。
張哲平說：所以我們在整體規劃上、在當天的行程上都是艦上的官兵沒有下艦，蔡總統沒有登艦，然後保持至少五公尺以上的，也就是符合社交安全距離以上的距離，跟他們揮手致意，然後就離開了他們停泊的港口。所以說，蔡總統在這方面，是沒有任何有關因疫情感染的隱憂。
除了蔡英文之外，官方高層包括參謀總長黃曙光等，都曾分別前往接船並近距離頒贈獎品給官兵。國防部軍事發言人史順文表示，相關官員已開始自主健康管理。
記者問：參謀總長黃曙光15號的時候有去迎接敦睦艦隊，請問總長也要隔離嗎？還是說他也沒有登艦所以不需要？謝謝！
史順文說：您好！我是國防部發言人史順文。針對總長在4月15號參加敦睦艦隊的結訓典禮，基本上是跟官兵有一段距離，而且沒有直接的肢體接觸。至於我們的政策，就是從寬認定、從嚴來管制，所以現在總長以及相關的長官，目前都會做自我健康的管理。
根據軍方公布資料，除了參謀總長黃曙光之外，海軍司令劉志斌也要進行自我健康管理。
台灣今年派出「磐石」補給艦、「岳飛」、「康定」巡防艦，以及700名官兵組成敦睦艦隊出訪，除了3月訪帛琉外，其他各邦交國訪問行程，因全球防疫影響中途取消，創下近年出訪時間最短的紀錄。
艦隊4月9日返抵台灣，蔡英文當天到左營，歡迎艦隊入港。官兵之後繼續留在船上再隔離6天才返家。