總統馬英九元旦上午主持上任後首次總統府前元旦升旗儀式，幾十名學生，在總統府附近，帶住海協會會長陳雲林面具示威，抗議陳雲林來台期間，警方驅散民進黨示威者。
馬英九依照慣例在總統府內，發表元旦講話。馬英九表示，由美國引起的金融海潚，衝擊之大，出乎所有人意料之外。
馬英九說，目前台灣經濟環境惡劣，他接到很多民眾陳情，擔心失業，他說，聽到之後感到憂心和難過，馬英九向全台灣的企業負責人呼籲，員工是企業最大的資產，在可能的範圍內，希望盡量不要裁員。
馬英九說，去年十一月海協會和海基會負責人會談，取得了重大的成果，實現大家盼望多年的空運直航、海運直航與直接通郵的大三通。
馬英九指，大三通之後，台灣與大陸的關係將日益密切，兩岸民間交流將更為頻繁，這個對台灣而言，既是機會，也是挑戰。馬英九說：台灣不僅應借此提升在全球經濟中的地位，也要在兩岸經貿關係日益深化之際，積極維護中華民國的主權與台灣的尊嚴，同時也要有效發揮自己在政治、社會與文化的特質，讓台灣對兩岸關係的長期發展，產生正面的引導作用。
民進黨主席蔡英文評論說，直航將立即帶來的失業的衝擊，希望政府不要過度樂觀，她指，三通所引申的經濟性的問題、安全性的問題，都需要有完整的配套。