這次的總統選舉合併了總統與立法院改選，選民一次過領到三張不同顏色的選票。為了避免有人用手機拍下選票從而影響公正性，選民不得帶手機入票站，也不可以進行公開討論。
記者來到台北市中正區，一個設於在小學裡的投票站了解，剛投完票出票站的劉太太表示，一些選民攜帶身分證、印章和投票通知單，來到戶籍所在地的投票站，經核對身份後才能進行投票。整個過程非常嚴謹，而且很有秩序。
她說︰“身份證､圖章，還有投票通知書，到指定的地點來投票，缺一個都不行。不能公開自己投選的人，而且都有人指導，非常嚴謹，也行平和，很有秩序。”
不過有些選民仍然對投票的程度和要求不太了解，高雄、屏東、澎湖、宜蘭等地，出現有人撕毀選票的事件，當中大部份是年老的選民。台灣傳媒報道﹐其中一名81歲的老人，因不小心在選票上誤蓋2個章，於是將選票撕毀；澎湖也有選民因不想投政黨票，就把政黨選票撕毀﹔宜蘭則有選民打算把選票帶回家作紀念被阻，後來被警察帶往派出所。
對於有選民把選票撕掉的情況，選民彭女士認為對方可能不太熟悉選舉程序。
她說︰“我們這裡沒有。他是不懂的，他蓋錯了圖章，就直接把選票撕了。不可以撕票，也不可以把票拿走。”
另一名選民張女士也說，電視廣告以及很多文宣品，也介紹過有關的投票程序和要求。
她說︰“我們的規定是這樣，票不能損毀，蓋錯也要投進去，沒有關係的。”
協助維持票站秩序的學校保安對記者表示，選民很有秩序，依照指示和程序進行投票，而且選民多選在早上來投票。
他說︰“我們這邊就是很安全，我們這裡有三個投票所，所以來投票的人也特別多，早上也有很多人做採訪。
不過在4時結束投票時間前5分鐘才來到票站的凌小姐，匆匆停泊車輛後便急步去投票。
她說︰“睡過頭，有點怕，還好來得及，已經進去投了。因為我媽媽之前有去投，而且我們是同一戶的，所以是在同一個地方。”
不過也有選民趕不及投票，被工作人員阻止進入票站。
中央選舉委員會秘書長鄧天祐對媒體表示，中選會獲報有民眾撕毀選票情形，將由地方選委會處理裁罰，罰款在5千元至5萬元新台幣之間。
台灣 1800多萬名合資格選民，投票選出正副總統及113名立委。警政署共派出6萬多名警察，到票站維持秩序。
在立委選舉中﹐暫時已知前總統陳水扁的兒子陳致中在高雄參選落敗，而著名作家李敖在台北市參選亦告落選。