廣深港高鐵香港段通車第二日，適逢天氣欠佳，氣象台早上發出黃色暴雨警告信號，黃雨期間西九總站大樓不少地方出現滴水情況。
港鐵職員在滴水地點放置水桶及「小心地滑」的告示牌。
其中食肆營業的B2層，更有水滴在供食客使用的桌上，前往綠化區的一段斜路亦同樣出現滴水，現場擺放水桶及告示牌。
另外，K4出口的天空走廊外，黃雨期間有大面積積水，仿如一個小型水塘；其他仍有不少地區出現滴水。
港鐵車務總監劉天成其後會見記者時回應指，之前超強颱風「山竹」吹襲期間，西九龍站有個別地方出現滲漏，但強調整個車站結構及設備良好，滲漏並不影響車務及站務運作。
此外，港鐵主席馬時亨亦有到站內巡視滴水情況。
廣深港高鐵香港段周一（24日）第2日營運，人流未有如首日通車多。
香港政府公布高鐵首日通車的旅客使用臨時數字，顯示周日（23日）經高鐵西九龍站入境的旅客有4萬2千多人次，出境的旅客則有3萬3千人次。
香港高鐵首日通車旅客毀譽參半，有人讚賞快捷便利和服務妥當，亦有人投訴過程混亂。
包括西九站開放5個櫃位供乘客領取於網站購買的車票，有數百名旅客排隊等候取票，一度出現「打蛇餅」現象。
港鐵周一有特別安排，容許乘客毋須到櫃位取票，只需在入閘前出示該網的購票電子紀錄及證件即可入閘。
另外，首日通車有列車一度停駛兼熄燈數分鐘。
港鐵車務總監劉天成解釋，因廣州南至虎門段大雨關係，列車需要減速導致誤點，亦需時調動之後班次，有部分班次延誤數分鐘。