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台灣「九合一選舉」周六（24日）下午截止投票，民眾關注的莫過於六都市長選舉，但由於今次選舉連同十個公投項目一齊進行，民眾至少排一個半鐘頭才能投票，台灣的領導人和政治人物，亦與民眾一起排隊等候。（鍾廣政 台北報道）
由於公投和選舉一齊進行，導致投票進度緩慢，很多票站都出現人龍，中選會臨時決定，在４點前排到龍尾都可以投票，到晚上6點後，出現當連江縣馬祖縣長宣布當選，有多個投票站仍有人排隊等待投票的奇特現象。
今次選舉「公投綁大選」，由於公投項目十分複雜，很多民眾投完選舉票就直接離開。新北市一名婦人不小心領取公投票又不想投，當場撕毀十張公投票，被選務人員以每張五千元開單處罰，合計罰款五萬新台幣。亦有民眾不滿同性戀公投項目，撕毀五張相關公投票，被罰款二萬五千元。高雄一名61歲婦人投完票之後暈倒，送院急救後死亡。
總統蔡英文和前總統馬英九，分別前往新北市和台北市投票，他們和一般民眾一起排隊。蔡英文被問到對公投的看法，蔡英文指台灣是民主社會，大家都可以表達自己意見。
蔡英文說：第一次有那麼多個議題，我覺得大家一而再，再而三就可以熟悉，我覺得選民可能要多花一點時間，不過久了熟悉就好。
而馬英九表示，公投和大選一起舉辦並無不可，但投票的做法有問題。
馬英九說：我前後花了36分鐘，公投投票處太少了，因為它有十張票，選舉有三張。選舉投票處其實可以少一點，這樣時間可以快一定。這是有史以來最多的公投。
馬英九排隊的時候，站在旁邊民眾向他埋怨排很久，公投和選舉應該分開舉行。馬英九就說，這樣要多花幾億台幣，一齊投票比較省錢。
爭取連任的台北市長柯文哲，一早和太太陳佩琪去投票，他們也要排接近一個鐘頭。柯太太說，沒想到要排那麼久，早知道帶本書來排隊。
公投要等到周日（25日）凌晨才完成點票。