台灣大學校長遴選事件一波三折，具藍營背境的管中閔早前當選後，被民進黨政府以各種行政方式阻擋就任，兩位教育部長也因不同意任命管中閔，在社會壓力下辭職。現任教育部長葉俊榮不認同將教育工作政治化，毅然違反民進黨政府政策，突襲通過聘任管中閔後提出辭職，行政院長賴清德憤而立即同意。雖然管中閔預定一月八日就職，但綠營支持者周三陸續採取追殺行動阻止上任。（鍾廣政 台北報道）
教育部長葉俊榮，因未告知行政院長賴清德，簽署公文同意聘用管中閔出任台大校長，事後葉俊榮提出請辭時，賴清德當場接受。教育部周三為他舉行送別會，30幾間大學校長特別出席表達支持葉俊榮，不以政治干預大學教育的做法。
葉俊榮表示，對於離開感到不捨，但衷心希望不要因為社會的紛爭而拿教育當戰場。回顧處理管中閔案件的協調過程，每次開會都充滿艱辛。
葉俊榮說：我必須要去了解那個生態是怎麼樣，不能有主見。生態的了解很重要，究竟整個組成是怎麼樣，性質是怎麼樣。我要告訴各位，真的不是很簡單的事情，但是我們一步一步的走。我非常感謝部裡面的同仁大家的分工，雖然時間很短，掩飾不住我對教育的熱愛。所以雖然我離開，但已經交到各位好朋友。
葉俊榮辭職離開前，已簽署聘用管中閔公文送交台灣大學，台大決定一月八日讓管中閔上任。而管中閔接受訪問時十分低調，表示還沒有收到台大的通知。
管中閔說：我沒有收到學校的任何通知，我的訊息也沒有掌握得比你們更多，所以我無從反應，我真的甚麼事情都不知道。對我來說，除非學校特別通知我，我沒有任何資訊。他們（教育部）現在所有的處分都是針對學校，不是針對我個人。台大報給教育部的公文，教育部要不要同意不是我的事情。
台北市長柯文哲呼籲，政治不要再干預台大的大學自治權利。
柯文哲說：其實為了這個案子，損耗了三個教育部長，我的建議是管中閔就安安靜靜的上任，認真做事這樣就好了，把這個事情趕快結束掉。
不過，綠營支持者並沒有停止阻撓管中閔上任的步伐，綠營民眾檢舉，管中閔在馬英九政府擔任官職時期，在報章雜誌撰寫專欄沒有申報，違法收受稿費利益。而去年和管中閔一起競爭台大校長落敗的吳瑞北，向法院聲請暫時狀態處分，要求法官判處管中閔不得上任。
教育部法制處長李嵩茂表示，聲請假處分是候選人的權益，法院會在周四開庭審議，至於假處為何，教育部會尊重司法機關的裁定內容來辦理。
律師林憲同質疑，台大遴選委員蔡明興為台灣大哥大副董事長，仍參加台哥大獨董管中閔出任台大校長的投票；葉俊榮明知台大校長遴選程序有瑕疵，仍執意允許聘任。基於這些理由，向地檢署告發三人，涉嫌違反貪污治罪條例之瀆職、圖利及刑法使公務員登載不實等罪名。
台大校長楊泮池去年六月退休，台大依照大學自治法，提前在去年一月選出管中閔擔任校長。因為他具有藍營背景，引起綠營支持者不滿，要求不得聘任。台大至今超過五百天沒有校長，創下世界記錄，台大學生團體還計劃申請「全世界沒有校長最長大學」的金氏世界紀錄（健力士世界紀錄大全）。